西西莉亚（伊丽莎白·莫斯 Elisabeth Moss 饰）再也想不到，曾经将自己迷得神魂颠倒的英俊男人阿德里安（奥利弗·杰森-科恩 Oliver Jackson-Cohen 饰），如今会成为噩梦的始作俑者。在和自己恋爱后没多久，阿德里安便开始对西西莉亚进行精神和肉体上的双重控制，终于，忍无可忍的西西莉亚在一天深夜用安定将阿德里安迷晕，成功的逃出了魔窟。...

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。...

不久的将来，网络黑客尼奥（基奴李维斯 饰）对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），并见到了黑客组织的首领墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。...